Pockenviren können neben der klassischen klinischen Diagnostik auf verschiedene Arten auf molekularer Ebene diagnostiziert werden:

Real-time PCR (rtPCR)
Der zurzeit sensitivste und schnellste Nachweis von Pockenviren ist der Nachweis der Nukleinsäure des Virus mittels der real-time PCR.

Genomsequenzierung
Mit Hilfe der DNA-Sequenzierung (Illumina, AmpliSeq) ist eine Genomsequenzierung und damit eine genaue Identifikation des Virus möglich.

Informationen zur Vollgenom-Sequenzierung des Monkeypox Virus

Elektronenmikroskopie (EM)
Mit dem Konsiliarlabor für elektronen­mikroskopische Erreger­diagnostik unter der Leitung von Dr. Michael Laue besteht eine enge Zusammenarbeit. Die EM-Diagnostik ist schnell und bei klinischen Proben meist sensitiv genug, um Parapocken von anderen Pocken unterscheiden zu können. Eine Typisierung ist mit der EM nicht möglich.

Zellkultur (ZK)
Die Anzucht von Orthopockenviren in Zellkultur oder auf der Chorioallantois­membran kann zur biologischen Charakterisierung (CPE, CAM) durchgeführt werden, ist aber zeitintensiv und deswegen für eine Primär­diagnostik von geringerer Bedeutung. In Zellkultur kann die Anzucht von Orthopockenviren mit spezifischen Antikörpern mit dem Immun­fluores­zenztest bestätigt werden.

Serologie
Antikörper gegen Orthopockenviren können mittels Immunofluoreszenztest, ELISA oder Neutralisationstest quantitativ bestimmt werden. Aufgrund der antigenen Ähnlichkeit sind Antikörper gegen verschiedene Orthopockenviren mit üblichen Labormethoden nicht differenzierbar. Ein Schluss auf den Infektionsstatus des Patienten kann darüber hinaus nur mit Verlaufsbewertung oder eindeutigem IgM-Nachweis erfolgen.

Tabelle 1: Nachweis von humanpathogenen Pockenviren im KL Pocken mittels rtPCR

Genus	Spezies-Differenzierung
Orthopoxviren (generisch)	Variolavirus
	Kuhpockenvirus
	Monkeypox Virus
Parapoxviren (generisch)	Orf-Virus
	Pseudokuh­pocken­virus
	Bovines Papuläres Stomatitis-Virus
Mollusci­poxvirus	Molluscum-contagiosum-Virus
Yatapoxviren	Tanapocken­virus
	Yabapockenvirus