Kriterien für die anlassbezogene Sequenzierung im Rahmen der Coronavirus-Surveillanceverordnung (CorSurV)

• 1. Zielgruppe: Labore
  • 1.1. Sequenzierung zufällig ausgewählter Proben
  • 1.2 Indikatoren für die Sequenzierung aus einem labordiagnostischen Anlass:
• 2. Zielgruppe: Gesundheitsämter
  • 2.1 Sequenzierung aus einem epidemiologischen Anlass

Vorbemerkung: Die im folgenden beschriebenen Kriterien und Indikatoren sind auf die aktuelle epidemiologische Situation bezogen, insbesondere hinsichtlich der Verbreitung der besorgniserregenden Varianten (Variant of Concern; VOC ) und unter Beobachtung stehenden Varianten (Variant of Interest; VOI). Aktualisierungen und Anpassungen bei Veränderungen des Infektionsgeschehens sind voraussichtlich nicht vermeidbar.

1. Zielgruppe: Labore

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1.1. Sequenzierung zufällig ausgewählter Proben

Die Auswahl der nach der CorSurV zur Sequenzierung einzusendenden Proben soll durch das untersuchende Labor zufällig und nach dem folgenden empfohlenen Schema erfolgen. Hierzu sollten:

1. alle in der jeweiligen Woche sequenzierten Proben mit Ct-Wert ≤ 25 in einer Liste aufgeführt und durchgehend nummeriert werden,
2. anschließend aus dieser Liste randomisiert Nummern gezogen werden, bis eine Anzahl von bis zu 5% (bzw. 10%, siehe CorSurV), der in diesem Labor in der vorausgegangenen Kalenderwoche als SARS-CoV-2 positiv getesteten Proben, erreicht ist.

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1.2 Indikatoren für die Sequenzierung aus einem labordiagnostischen Anlass:

Proben mit einem labordiagnostischen Verdacht auf das Vorliegen einer besorgniserregenden Variante (Variant of Concern; VOC) außer B.1.1.7 oder einer unter Beobachtung stehende Variante (Variant of Interest; VOI) können, unabhängig von den zufällig ausgewählten Proben (siehe 1.1.), aber im Rahmen des Kontingents von max. 5% (bzw. 10%, s.o.) zur Sequenzierung, Analyse und Befundung an die kooperierenden Einrichtungen/sequenzierenden Labore gesendet werden.

Labordiagnostische Indikatoren für die anlassbezogene Sequenzierung
Die wichtigsten labordiagnostischen Indikatoren auf das Vorliegen eines Verdachts auf eine VOC oder VOI (außer B.1.1.7^#) sind:

• Laborergebnisse, die auf Vorliegen einer VOC oder VOI bzw. spezifische Mutationen dieser Varianten hinweisen, z.B. Ausfall im S-Gen, Nachweis von charakteristischen Mutationen im S-Protein mittels spezifischer PCR oder Sanger Sequencing.

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2. Zielgruppe: Gesundheitsämter

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2.1 Sequenzierung aus einem epidemiologischen Anlass

Proben, die einen der folgenden epidemiologischen Verdachtsmomente erfüllen bzw.
Hinweise auf eine Exposition gegenüber VOC (außer B.1.1.7^#) oder VOI, mit z.B. veränderter Übertragbarkeit, Immunantwort oder Krankheitsschwere aufweisen. Diese können z.B. sein:

• Impfdurchbrüche (Erkrankungsfälle bei Geimpften)
• Verdacht auf Reinfektion
• Reiseanamnese (Flugreisen, insbesondere aus Ländern mit hohem Infektionsgeschehen, insbesondere Risikogebiete oder Virusvariantengebiete)

• Aufklärung eines komplexen Infektionsgeschehens, z.B.:

  • mehrere besondere Expositionsmöglichkeiten (große Veranstaltungen)
  • unerwartete Altersgruppenbetroffenheit
  • unerwartete Übertragungsmodi oder -muster
• ungewöhnliche Ausbruchsgeschehen (z.B. starke Zunahme der Fallzahlen innerhalb eines kurzen Zeitraums)
• unerwartete Krankheitsschwere oder unerwarteter klinischer Verlauf
• zoonotische Infektion
• Labordiagnostischer Verdacht auf Vorliegen einer VOC außer B.1.1.7^# oder VOI (siehe 1.2.)

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# es sei denn, es wurden weitere besorgniserregenden Mutationen (z.B. E484K) nachgewiesen

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