Die Abwasserüberwachung wird in Deutschland ergänzend zu bestehenden Systemen für die Krankheitsüberwachung genutzt. Ziel ist es u.a., die Verbreitung von Infektionskrankheiten einzuschätzen, um Maßnahmen zum Schutz der Bevölkerung ergreifen zu können. Abwasserüberwachung kann helfen, Ausbrüche zu erkennen, ihr Ausmaß zu beurteilen und ihren Ursprung aufzudecken.