Etwa 20% des jährlichen Forschungsetats des RKI stammen von nationalen und internationalen Forschungsförderorganisationen. Sie werden von den Wissenschaftlern in hochkompetitiven Bewerbungsverfahren eingeworben („Drittmittelforschung“) und befassen sich überwiegend mit innovativen Fragestellungen im Bereich der Genese, Diagnostik und Therapie infektiöser und nichtinfektiöser Erkrankungen. Mittelgeber sind beispielsweise die Europäische Union, die Deutsche Forschungsgemeinschaft oder auch Stiftungen wie die Robert Bosch Stiftung oder die Wilhelm Sander Stiftung.