Zwischen 1933 und 1945 war das Robert Koch-Institut als staatliche Forschungseinrichtung des öffentlichen Gesundheitswesens eng in die nationalsozialistische Gewaltpolitik eingebunden. Von 2006 bis 2008 haben Historiker des Instituts für Geschichte der Medizin an der Berliner Charité die Rolle des RKI im Nationalsozialismus untersucht. Ziel des vom RKI initiierten und finanzierten Projekts war, das wissenschaftliche, politische und wissenschaftspolitische Handeln des RKI in dieser Zeit so vollständig wie möglich und ohne institutionelle Befangenheit zu erforschen. Die Ergebnisse wurden in dem Buch „Das Robert Koch-Institut im Nationalsozialismus“ veröffentlicht. Seit 2011 trägt ein künstlerisches Erinnerungszeichen am Institut dazu bei, die Auseinandersetzung mit dem Thema lebendig zu halten.

Im Jahr 2016 waren die Zeit des Nationalsozialismus und die Mitarbeitenden, die im Frühjahr 1933 aufgrund ihrer jüdischen Herkunft das Institut verlassen mussten, Thema im „Salon zur Institutsgeschichte“. Das Museumsteam im RKI widmete 2021 in dem Podcast „Erinnerungszeichen“ jedem der zwölf ehemaligen jüdischen Mitarbeitenden eine eigene Podcast-Folge, um ihre Leistungen zu würdigen und an ihr Schicksal zu erinnern.