Das Robert Koch-Institut wird bei der Ausübung fachlicher und regulatorischer Aufgaben von den unten stehenden Kommissionen beraten. Die Kommissionen setzen sich aus Experten unterschiedlicher fachlicher Disziplinen zusammen. Die Geschäftsstellen der Kommissionen sind am Robert Koch-Institut angesiedelt. Die Geschäftsstellen organisieren die Arbeit der Kommissionen und führen die Beschlüsse aus.