BMBF Projekt IRMRESS (2016-2019)

IRMRESS ist ein Verbundprojekt im Rahmen von InfectControl2020, einem transektoralen Forschungsverbund als Teil der BMBF-Initiative „2020 – Partnerschaft für Innovationen“. IRMRESS steht für „Innovative Reduktion multi-resistenter Infektionserreger (MRE) und Etablierung einer Next-Generation-Sequencing (NGS)-basierten molekularen Surveillance“. Das Projekt IRMRESS ist ein Zusammenschluss verschiedener Partnerinstitute und wird durch Prof. Wieler, Präsident des RKI, koordiniert. FG13 ist in das Teilvorhaben der „Etablierung einer NGS-basierten Erregersurveillance“, gemeinsam mit Partnern an der FU Berlin und des Universitätsklinikums Münster involviert. Im Rahmen des Verbundprojektes soll hierbei eine zielgerichtete, effiziente und standardisierte Herangehensweise zur Identifizierung, Charakterisierung und Typisierung multiresistenter Erreger etabliert werden. Grundlage wird die Nutzung von Ganz-Genom-Sequenzen sein, deren neuartige Methodik über hochparallelisierte DNS Sequenzierung (Next Generation Sequencing) sich in der jüngsten Vergangenheit als sehr leistungsfähig erwiesen hat. Durch die transsektorale Bearbeitung des Arbeitsschwerpunktes können gemeinsam für die Human- und Veterinärmedizin Konzepte zur einheitlichen Probengewinnung, Probenaufarbeitung, Datengenerierung und –erfassung sowie zur weiteren Verarbeitung über bestimmte Auswertetools und –pipelines erstellt, etabliert, validiert und in die Routineanwendung überführt werden. Dies soll für die zoonotisch höchst relevanten multiresistenten Erreger ESBL-E. coli, MRSA und VRE erfolgen. Der Fokus in FG13 liegt hierbei auf den Enterokokken.

Kollektion an Isolaten, welche für die Erstellung des coregenome(cg)MLST Schemas verwendet wurde (n= 146). Die Sammlung umfasste 41 Sequence Types (ST) und 97 Complex Types (CT). Der phylogenetische Baum basiert auf cgMLST-Analysen und wurde mit SeqSphere+ (Ridom GmbH, Münster) berechnet. Die Visualisierung erfolgte mit iTOL. Innerer Ring: Angabe der ST; Äußerer Ring: Angabe der CT. (aus Neumann et al., 2019, J Clin. Microbiol. 57: pii: e01686-18)

Leitung: Prof. Dr. Guido Werner; Tel. +49(0)30 18754-4210
Ansprechpartner: Dr. Jennifer Bender; Tel. +49(0)30 18754-4333

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