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RKI und ZIG unterstützen Indien in den Bereichen Genomische Sequenzierung und Schnellteststrategien

Aufgrund der aktuellen COVID-19 Situation in Indien wurde das Zentrum für internationalen Gesundheitsschutz (ZIG) von der indischen Botschaft Berlin und der Deutschen Botschaft in Neu-Delhi mit der Bitte um Unterstützung in den Bereichen Genomsequenzierung und Schnellteststrategien angesprochen.

Im Bereich der Genomsequenzierung ermöglichte das ZIG am 7. Mai einen ersten Austausch zwischen den Kollegen aus MF1 und P5 (Bioinformatik und Systemmedizin von Infektionskrankheiten) von Seiten des RKI und dem Indian Council of Medical Research-National Institute of Virology (ICRM). Dieser erste Austausch konzentrierte sich auf Genomsequenzierung, Referenzbasierte Genomassemblierung und Variantenanalyse. Die RKI-Kollegen gaben einen Überblick über die vorhandenen Kernkapazitäten am RKI und die entwickelten bioinformatische Werkzeuge zur Erzeugung von Sequenzdaten und Berichten. Die Mitarbeitenden des ICRM gaben einen Überblick über das indische SARS-CoV-2 Genomics Consortium und die Aktivitäten des ICRM-NIV sowie Details zu den aktuellen Arbeiten im Zusammenhang mit der COVID-19-Pandemie.

Weitere Schritte wurden unternommen und ein längerer bilateraler Austausch vorbereitet. Als Ergebnis wurde ein 2-tägiger Capacity-Building-Workshop (19. und 21. Mai) mit der Teilnahme von über 40 Kollegen des Indian Council of Medical Research-NIV und des NCDC-India vorbereitet. Während dieser 2 Tage stellten Kollegen aus mehreren RKI-Einheiten (FG17, P5, MF1, MF2, MF4, ZV4) detailliert die am RKI verwendeten Werkzeuge und Arbeitsabläufe vor. Am ersten Tag wurden in mehreren Vorträgen die Workflows zur Probenaufbereitung, Genomsequenzierung, Genomrekonstruktion (Illumina-ONT), Genomic Profiling, DESH und CovSonar beschrieben. Am zweiten Tag konzentrierten sich die Vorträge auf die Erkennung von Ausbrüchen, die Identifizierung neuer Linien, die Schätzung der Inzidenz und die technischen Anforderungen, die für den Betrieb und die Implementierung dieser Pipelines notwendig sind (Infrastruktur, Fähigkeiten und Mitarbeiter).

Derzeit werden weitere Schritte unternommen, um diese Zusammenarbeit weiter auszubauen, praktische Unterstützung für die in den Workshops vorgestellten Tools zu bieten und bei Bedarf bei der Analyse von Daten und der Organisation von Ressourcen zu beraten. Darüber hinaus stehen die Kollegen von ZBS 1 (Hochpathogene Viren - AG1 Diagnostik) im Bereich der Schnelltests in ständigem Austausch mit der deutschen Botschaft in Neu-Delhi und haben ihre Bereitschaft erklärt, ihre Expertise einzubringen. Dieser Austausch konzentriert sich auf die Auswahl von schnellen und kostengünstigen Tests.

Stand: 22.07.2021

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