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Zentrales Sequenzierlabor des Robert Koch-Instituts

Das zentrale Sequenzierlabor im ZBS 1 des Robert Koch-Instituts befasst sich mit den verschiedenen Möglichkeiten der DNA-Sequenzierung, wie der Sanger-Sequenzierung an Applied Biosystems 3500 xL Dx-Sequencern, zur routinemäßigen Bestimmung der Sequenzen von Plasmiden und PCR-Produkten. Des Weiteren wird die Pyrosequenzierung zur schnellen Typisierung von Pathogenen an Qiagen Pyromark 96 ID-Geräten angeboten.

Einen Schwerpunkt der Arbeiten stellen die verschiedenen Anwendungen des Next Generation Sequencings (NGS) dar. Hier stehen Ion Torrent PGM- und Illumina HiSeq1500- sowie MiSeq-Geräte zur Verfügung. Die wesentlichen NGS-Anwendungen im RKI sind die Genomsequenzierung, Metagenomics, RNA-seq und Ultradeep Sequencing.

Ein Fokus der Projekte im Bereich NGS liegt auf der Genom-Sequenzierung mikrobieller Pathogene wie Viren, Bakterien und Protisten sowie zoonotisch relevanter Vektoren.

Außerdem werden in verschiedenen Projekten metagenomische Untersuchungen von mikrobiellen Communities durchgeführt. Die hier entwickelten Methoden und bioinformatischen Analysetools werden auch für Fragestellungen der Erregersuche und für die Spezialdiagnostik klinisch ungeklärter Infektionen eingesetzt.

Stand: 18.06.2014

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